Родился 17 ноября 1914 г. в д. Боровинская (ныне Тюменской области).
В 1936-1940 г. работал трактористом на Заводо-Уковском МЛП.
В 1940 г. переведен на работу в службу складского хозяйства.
25 августа 1941 г. призван в ряды РККА.
Боевой путь: служил в 193-ей стрелковой дивизии Северо-Западного фронта.
В 1943 г. участвовал в боях при освобождении Старой Руссы.
Награды: орден Отечественной войны II степени; юбилейные медали.
Почетная грамота Заводоуковского ЛПЗ, Значок «Отличник социалистического соревнования лесной промышленности»,
Почетная грамота за высокие показатели в социалистическом соревновании в Кондинском леспромхозе,
В ознаменование 50-летия Советской власти объявлена благодарность,
Почетная грамота за достигнутые показатели в труде и в честь Дня нефтяника,
Почетная грамота в честь Дня Победы. Благодарность в честь Дня Советской Армии. Благодарность в честь Дня Победы,
Знак «Победитель социалистического соревнования 1974 г.».
С 1949 г. работал в Заводоуковском леспромхозе лесорубом на лесопункт Юрга - Лесная с 1951-1956 гг.
Лебедчик на лесопункт Юрга – Лесной г. Урай
В 1956 г. работал в Кондинском леспромхозе: бензопильщиком затем шофером по перевозке рабочих. В 1966 г. А.Ф. Агафонов был переведён на Урайскую АТК «Главтюменнефтегаз» где работал шофером. В 1978 г. вышел на пенсию.
Умер 9 января 2001 г., похоронен в г. Урай.